Die Cluster- und Loadbalancing-Funktionalität ist im Grundsystem des SEPPmail Secure E-Mail Gateways integriert. Mit wenigen Schritten kann ein Cluster zwischen zwei oder mehr Geräten aufgebaut werden, bei Bedarf auch über verschiedene Standorte hinweg. Dabei werden alle betriebsrelevanten Daten (Systemparameter, Nutzerdaten und Schlüsselmaterial) über alle Systeme synchronisiert. Da auf dem SEPPmail Secure E-Mail Gateway E-Mails generell nur für die Dauer des Verarbeitens in der E-Mail gehalten werden, ist ein Synchronisieren der Nutzdaten (E-Mails) nicht erforderlich. Auch hier zeigt sich der sparsame Umgang mit Systemressourcen (Bandbreite).

Die Systeme sind so ausgelegt, dass bei einem Totalausfall eines Systems oder gegebenenfalls eines ganzen Standortes, der oder die verbleibenden Systeme, auch standortübergreifend, den Betrieb reibungslos aufrechterhalten können. Sobald der Regelbetrieb wiederhergestellt ist, werden alle Systeme wieder automatisch abgeglichen.