Der administrative Zugriff erfolgt in der Regel über eine SSL gesicherte Verbindung auf einen, separat im SEPPmail Secure E-Mail Gateway integrierten, Web-Server (Administrationsoberfläche).
Alternativ können diverse administrative Aktionen auch über eine sogenannte Rest-API vorgenommen werden. Dies ermöglicht beispielsweise in größeren Umgebungen das On-/Off-Boarding von Mitarbeitern beim Ein-/Austritt.